Nach dem Regierungswechsel 1994 fand eine Überprüfung der Polizeiorganisation statt, die unter anderem eine Stärkung der Zuständigkeiten des Landeskriminalamtes im operativen Bereich anstrebte. Der Behörde wurde daraufhin das Spezialeinsatzkommando (SEK) organisatorisch angegliedert und darüber hinaus die Ermittlungsführung bei qualifizierten Wirtschaftsstraftaten zugewiesen. Im Rahmen des Prozesses der ständigen Optimierung von Tätigkeitsabläufen und Organisationsstrukturen der Behörde werden bestehende Schnittstellen und Doppelgleisigkeiten abgebaut.
1992–1995 Stärkung operativer Bereich
In den Jahren 1992 bis 1995 wurde das Gebäude des Landeskriminalamtes Thüringen im laufenden Betrieb umgebaut und modernisiert.